L'anno è il 2032. In un mondo in cui i pochi esseri umani rimasti coesistono insieme a replicanti artificiali, cyborg e robot, Batou, detective della Sezione 9 della Polizia, indaga su un caso inquietante ed all'apparenza inspiegabile. Una ginoide, un androide creato per appaggare il desiderio sessuale, ha infatti massacrato il suo "utilizzatore" e padrone prima di autodistruggersi. Con l'aiuto del proprio partner, Toyusa, Batou inizia un viaggio alla scoperta dei segreti più reconditi dell'anima, circondato da esseri viventi che hanno perso la loro umanità, fusa nell'elemento macchina. In una realtà dove l'organico è divenuto meccanico ed il meccanico e sintetico ha iniziato a sviluppare una sorta di autocoscienza, le complicate indagini lo condurranno fino alla sede della Locus Solus, la ditta costruttrice delle ginoidi, a bordo di una nave al largo delle coste e fuori dalla giurisdizione della legge.